Hama yang paling banyak menyerang tanaman manggis adalah ulat bulu. Hama ini melubangi daun manggis. Cara pengendaliannya dengan menjaga sanitasi lahan tanaman manggis dan menyemprotkan insektisida Bayrusil 250 EC/Cymbush 50 EC dengan konsentrasi 0.1-0.2 %.

Untuk penyakit yang biasa menyerang tanaman manggis, jenisnya cukup banyak. Berikut ini diantaranya;

1) Bercak daun
Penyebab: jamur Pestalotia sp., Gloesporium sp. dan Helminthosporium sp.
Gejala: bercak pada daun yang tidak beraturan berwarna abu-abu pada pusatnya (Pestalotia sp.), coklat (Helminthosporium sp.) dan hitam pada sisi atas dan bawah daun (Gloesporium sp.).
Pengendalian: mengurangi kelembaban yang berasal dari tanaman pelindung, memotong bagian tanaman manggis yang terserang dan menyemprotkan fungisida Bayfidan 250 EC/Baycolar 300 EC dengan konsentrasi 0.1-0.2 %.

2) Jamur upas
Penyebab: Corticium salmonicolor Berk.et Br.
Gejala: cabang/ranting mati karena
jaringan kulit mengering.
Pengendalian: memotong cabang/ranting pohon manggis, mengerok kulit dan kayu yang terserang parah dan mengolesi bagian yang dipotong dengan cat, atau disemprot dengan Derosal 60 WP 0.1-0.2 %.

3) Hawar benang
Penyebab: jamur Marasmius scandens Mass Dennis et Reid.
Gejala: miselium jamur tumbuh pada permukaan cabang dan ranting membentuk benang putih yang dapat meluas sampai menutupi permukaan bawah daun.
Pengendalian: menjaga kebersihan dan memangkas daun manggis yang terserang.

4) Kanker batang
Penyebab: jamur Botryophaerisa ribis.
Gejala: warna kulit batang dan cabang
berubah dan mengeluarkan getah.
Pengendalian: (1) perbaikan drainase, menjaga kebersihan kebun, pemotongan tanaman yang sakit; (2) penyemprotan fungisida Benlate untuk kanker batang, Cobox atau Cupravit bagi penyakit lainnya.

5) Hawar rambut
Penyebab: jamur Marasmius equicrinis Mull.
Gejala: permukaan tanaman manggis ditutupi bentuk serupa benang berwarna coklat tua kehitaman mirip ekor kuda.
Pengendalian: sama dengan kanker batang.

6) Busuk buah
Penyebab: jamur Botryodiplodia theobromae Penz.
Gejala: diawali dengan dengan membusuknya pangkal buah manggis dan meluas ke seluruh bagian buah sehingga kulit buah menjadi suram.
Pengendalian: sama dengan kanker batang.

7) Busuk akar
Penyebab: jamur Fomes noxious Corner.
Gejala: akar busuk dan berwarna coklat.
Pengendalian: sama dengan kanker batang.