Setelah bibit manggis berkualitas didapatkan, langkah selanjutnya adalah melakukan penanaman bibit manggis. Caranya, buat lubang tanam ukuran 50 x 50 cm sedalam 25 cm dan tempatkan tanah galian tanah di satu sisi.

Perdalam lubang tanam sampai 50 cm dan tempatkan tanah galian di sisi lain. Keringanginkan lubang tanam 15-30 hari sebelum tanam. Kemudian masukkan tanah bagian dalam (galian ke dua) dan masukkan kembali lapisan tanah atas yang telah dicampur 20-30 kg pupuk kandang.

Jarak antar lubang 8 x 10 m atau 10 x 10 m dihitung dari titik tengah lubang. Untuk
lahan berlereng perlu dibuat teras, tanggul dan saluran drainase untuk mencegah
erosi.

Dengan jarak tanam 10x 10 m atau 8 x 10 m diperlukan 100-125 bibit per hektar.
Cara menanam bibit yang benar adalah sebagai berikut:
a) Siram bibit di dalam polybag dengan air sampai polibag dapat dilepaskan dengan mudah.
b) Buang sebagian akar yang terlalu panjang dengan pisau/gunting tajam.
c) Masukkan bibit ke tengah-tengah lubang tanam, timbun dengan tanah sampai batas akar dan padatkan tanah perlahan-lahan.
d) Siram sampai tanah cukup lembab.
e) Beri naungan yang terbuat dari tiang-tiang bambu beratap jerami. Jika sudah
ada pepohonan di sekitarnya, pohon-pohon ini bisa berfungsi sebagai pelindung alami. Pohon pelindung harus bersifat alami dan mengubah iklim mikro, misalnya tanaman Albisia dan Lamtoro.