a. Layu Fusarium 
Cendawan Fusarium menyukai daerah lembab dan sering menyerang saat musim hujan. Penyakit ini menyerang mulai daerah dengan ketinggian sedang hingga tinggi. Tanaman semangka yang terserang akan layu, mengering, kemudian mati. Pengendalian dilakukan dengan penyemprotan fungisida. Pemakaian surfaktan (perata dan perekat) pada musim hujan sangat dianjurkan. Tanaman yang terserang sebaiknya disingkirkan dan dimusnahkan agar penyakit tidak menular. Rotasi tanaman dengan tanaman yang bukan inang dapat dilakukan untuk memutus siklus hidup cendawan ini. 

b. Layu Bakteri 
Layu bakteri pada tanaman semangka disebabkan oleh bakteri Pseudomonas. Bagian tanaman yang terserang layu bakteri ketika dipotong dan dimasukkan ke dalam air bersih akan mengeluarkan cairan berwarna putih. Serangan layu bakteri biasanya terjadi di daerah dataran rendah yang kondisinya lembab dan panas. Penyebaran penyakit ini bisa terjadi melalui air, angin, dan peralatan yang digunakan. Pengendalian dilakukan dengan menggunakan pestisida Agrept 20 WP atau Agrimycin. Lahan yang terserang penyakit ini sebaiknya ditaburi kapur pertanian dan selama dua tahun tidak ditanami tanaman yang bisa menjadi inang Pseudomonas. 

c. Busuk Daun (Phytophthora infestans) 
Penyakit ini dikenal juga dengan nama cacar, terlihat dari munculnya noda hitam di daun dan buah. Bagian yang terserang menjadi kering, keras, dan busuk. Serangan penyakit ini dapat dicegah dengan menjaga kelembaban kebun, melakukan pemangkasan secara teratur, dan menjaga sanitasi kebun. Busuk daun dapat diberantas menggunakan Bubur Bordeaux 1-3%, Akofol 50 WP, Preficur N, Prufit PR 10/56 WP, Ridomil, Dhitane, dan Antracol. 

d. Busuk Buah (Colectroticum sp.)
Serangan cendawan ini ditandai dengan munculnya bercak coklat yang semakin melebar di buah semangka. Pada serangan yang parah, buah akan menjadi kering, busuk dan keriput. Penyakit ini biasanya menyerang buah semangka muda, sehingga mengurangi hasil panen hingga 75%. Serangan penyakit busuk buah dapat diatasi dengan mengatur jarak tanam agar tidak terlalu rapat, melakukan pemangkasan secara teratur dan melakukan penyemprotan fungisida sistemis atau fungisida kontak yang berbahan aktif karbendazim fenorimol secara teratur. 

e. Busuk Leher (Phytium ultimum) 
Biasanya menyerang bibit, tapi kadang-kadang juga menyerang tanaman dewasa. Gejala yang terlihat adalah munculnya bercak warna hitam yang basah di pangkal batang, lama-kelamaan tanaman yang terserang akan roboh. Serangan busuk leher dapat dicegah dengan menjaga kelembaban lahan dan memberikan fungisida pada benih.